Hệ thống VAT chung và áp dụng bắt buộc với các quốc gia thành viên EU trong Cộng đồng châu Âu. Hệ thống VAT của EU được áp dặt theo một chuỗi chỉ thị của Cộng đồng châu Âu trong đó quan trọng nhất là chỉ thị VAT lần thứ 6 (chỉ thị 77/388/EC). Tuy vậy, một số quốc gia thành viên đã đàm phán để có được miễn giảm VAT ở một số vùng hay lãnh thổ. Quần đảo Canaria, Ceuta và Melilla (Tây Ban Nha), Gibraltar (Anh Quốc) và Quần đảo Åland (Phần Lan) nằm ngoài phạm vi áp dụng của hệ thống VAT EU trong khi Madeira (Bồ Đào Nha) được phép áp dụng tỉ lệ thuế khác.

Hệ thống VAT của EU, khi một cá nhân thực hiện hành vi kinh tế và cung cấp hàng hóa và dịch vụ cho người khác và giá trị hàng hóa dịch vụ cung cấp vượt quá một ngưỡng tài chính cụ thể, người cung cấp phải đăng ký với cơ quan thuế vụ địa phương và tính thuế VAT và thanh toán thuế VAT đó với cục thuế địa phương (mặc dù giá cả có thể bao gồm thuế VAT hay không bao gồm thuế VAT).

VAT do doanh nghiệp tính và khách hàng trả được gọi là VAT đầu ra (tức là VAT tính trên giá trị hàng hóa dịch vụ bán ra). VAT mà doanh nghiệp trả cho doanh nghiệp khác khi mua hàng được gọi là VAT đầu vào (tức là VAT trên trị giá hàng hóa dịch vụ mua vào). Doanh nghiệp thường có thể khấu trừ VAT đầu vào với các khoản VAT hợp lý tức là các khoản VAT đầu vào cho hàng hóa và dịch vụ được sử dụng để tạo ra đầu ra có thể đánh thuế. Thuế VAT đầu vào được khấu trừ từ thuế VAT đầu ra mà doanh nghiệp phải đóng cho chính phủ, hoặc nếu lớn hơn thì sẽ được hoàn lại bằng tiền.

Các tỉ suất VAT khác nhau được áp dụng ở các quốc gia thành viên EU. Tỉ suất tối thiểu là 15% được áp dụng trên toàn bộ EU mặc dù tỉ suất VAT có thể được giảm tới 5% có thể được áp dụng ở nhiều nước khác nhau với các hàng háo dịch vụ khác nhau (ví dụ xăng dầu và năng lượng tiêu thụ nội địa ở Anh Quốc. Tỉ suất VAT tối đa trong EU là 25%.

Chỉ thị VAT lần thứ 6 cho phép một số hàng hóa và dịch vụ được miễn thuế VAT (ví dụ thư tín, chăm sóc y tế, cho vay, bảo hiểm, cá độ) và một số hàng hóa có thể được miễn thuế VAT tùy theo lựa chọn của nước thành viên có tính thiếu VAT không (ví dụ như đất đai hay một vài dịch vụ tài chính). VAT đầu vào tương ứng với hàng hóa dịch vụ được miễn thuế VAT đầu ra sẽ không được khấu trừ hay hoàn lại. Tuy vậy, doanh nghiệp có thể tăng giá để khách hàng chịu chi phí VAT này (tỉ lệ thực tế có thể thấp hơn tỉ lệ thông thường tùy thuộc vào thuế VAT đầu vào phải chịu trước đó và chi phí nhân công phát sinh trong giai đoạn được miễn thuế.)

Cuối cùng, một số hàng hóa và dịch vụ được áp dụng mức thuế "không phần trăm". Mức thuế không phần trăm là một mức thuế dương được tính với tỉ lệ 0%. Hàng hóa thuộc diện thuế 0% vẫn là hàng hóa chịu thuế, nghĩa là vẫn có thuế VAT tính trong giá hàng. Ở Anh Quốc, một số ví dụ điển hình là thực phẩm, sách, dược phẩm và một số loại hình vận tải. Chỉ thị VAT lần thứ 6 không nêu ra vấn đề không phần trăm này vì chỉ thị này nhắm tới tỉ lệ thuế VAT tối thiểu trên toàn EU là 5%. Tuy nhiên, không phần trăm vẫn tồn tại tại một số nước thành viên, điển hình là Anh Quốc, như là một di vật từ trước khi có luật của EU. Các quốc gia này được phép thực hiện áp dụng không phần trăm với các hàng hóa dịch vụ hiện tại nhưng không thể bổ sung thêm danh mục hàng hóa và dịch vụ thuộc diện này

Khi hàng hóa được nhập khẩu vào EU từ các nước khác, thuế VAT được tính tại cửa khẩu cùng thời điểm với thuế nhập khẩu. Khi hàng hóa được nhập khẩu vào EU từ các nước khác, thường là bị tính thuế VAT tại biên giới, đây là nhiệm vụ của hải quan. Thuế VAT mua lại được tính khi hàng hóa được mua ở một nước thuộc EU từ một nước khác (việc này được thực hiện không phải tại biên giới mà thông qua cơ chế kế toán). Các doanh nghiệp thuộc EU thường phải tự tính VAT cho chính mình theo cơ chế "tính VAT nghịch" khi dịch vụ được nhận từ một nước thành viên khác hoặc là từ một nước ngoài EU.

Các doanh nghiệp có thể phải đăng ký VAT ở các nước thành viên, bên ngoài nước thì đăng ký ở trụ sở chính nếu họ cung cấp hàng hóa qua bưu điện tới các nước đó với quy mô vượt ngưỡng cho phép. Các doanh nghiệp được thành lập tại một nước thành viên nhưng mua hàng hóa dịch vụ từ một nước thành viên khác có thể xin hoàn lại thuế VAT do nước thứ hai tính theo các quy định của Chỉ thị lần thứ 8 về VAT (Chỉ thị 79/1072/EC) Một chỉ thị tương tự, Chỉ thị VAT lần thứ 13 (Chỉ thị 86/560/EC) cũng cho phép doanh nghiệp thành lập bên ngoài EU hoàn thuế VAT theo một số điều kiện đặc biệt.

Theo các sửa đổi áp dụng từ 1 tháng 7 năm 2003 (theo Chỉ thị 2002/38/EC) các nước không phải thành viên EU cung cấp các sản phẩm và dịch vụ liên quan tới thương mại điện tử và giải trí phải đăng ký với các nước thành viên và thu thuế VAT trên doanh thu hàng hóa dịch vụ với tỉ lệ thích hợp tùy theo địa điểm của người mua. Hoặc, theo một cơ chế đặc biệt, các quốc gia không phải thành viên EU này có thể đăng ký và chịu trách nhiệm thu thuế VAT trong một nước thành viên mà thôi. Điều này tạo ra các biến tướng vì tỉ suất VAT và tỉ suất thuế là thuộc nước đăng ký chứ không phải nước của người tiêu dùng và vì vậy các cách tiếp cận thay thế đang được đàm phán để tỉ lệ thuế VAT là của nước mà người tiêu dùng đang ở.

Sự khác biệt giữa các mức thuế VAT khác nhau thường được giải thích là một số hàng "xa xỉ" thì sẽ chịu thuế VAT cao hơn trong khi các hàng hóa "thiết yếu" sẽ có mức thuế thấp hơn. Tuy vậy, các mức thuế cao tồn tại ngay cả khi sự giải thích trên không còn đúng nữa. Ví dụ, Pháp đánh thuế ô tô như một mặt hàng xa xỉ (33%) tới tận thập kỷ 80 khi hầu hết các hộ gia đình có hơn một ô tô. Tương tự, ở Anh Quốc, quần áo trẻ em là có thuế " không phần trăm" trong khi quần áo cho người lớn chịu mức thuế VAT ở tỉ lệ tiêu chuẩn là 17.5%.

Quy tắc định giá trong EU

• Nếu hầu hết trao đổi thương mại là B2C, giá phải bao gồm VAT.
• Nếu hầu hết trao đổi thương mại là B2B, giá không bao gồm VAT.